一直以来，司法实践对因行政合同产生的争议应提起行政诉讼还是民事诉讼有很大争议。即便《最高人民法院关于规范行政案件案由的通知》（法发[2004]2号）明确行政诉讼的案由包括“行政合同”，也不能完全解决这一问题。其中最为常见的，就是因房屋征收所签订的“征收补偿协议”产生的争议应该通过行政诉讼还是民事诉讼程序来解决。

1990年《行政诉讼法》正式施行后，因房屋征收补偿协议产生的争议并未被纳入行政诉讼的受案范围。司法实践中开始产生究竟应适用民事诉讼程序还是行政诉讼程序的争论，甚至地方法院都无法下一个准确的判断。鉴于争议较多，而适用程序又悬而未决，最高人民法院于1996年作出法复[1996]12号《最高人民法院关于受理房屋拆迁、补偿、安置等案件问题的批复》给地方法院，其中答复意见的第二条内容为：“拆迁人与被拆迁人因房屋补偿，安置等问题发生争议，或者双方当事人达成协议后，一方或者双方当事人反悔，未经行政机关裁决，仅就房屋补偿、安置等问题，依法向人民法院提起诉讼的，人民法院应当作为民事案件受理。”该批复的作出，算是为征收补偿协议的诉讼程序争议暂时下了一个定论。

《国有土地上房屋征收补偿条例》第二十五条第二款也规定：“补偿协议订立后，一方当事人不履行补偿协议约定的义务，另一方当事人可以依法提起诉讼。”虽然该条并未明确可以提起的是什么诉讼，但表述明显为双方当事人都可以对另一方当事人不履行协议而提起诉讼，结合行政诉讼中行政机关只能充当被告以及“法复[1996]12号”批复文件的精神，笔者认为本条希望表达的是解决征收征用协议的争议应适用民事诉讼程序。

然而，2014年11月1日，全国人大常委会通过了对《行政诉讼法》的修改决定，其中修改决定第四条的内容将“认为行政机关不依法履行、未按照约定履行或者违法变更、解除政府特许经营协议、土地房屋征收补偿协议等协议的”纳入到行政诉讼的受案范围。

作出前述变动，明确了行政机关不履行或者不按约定履行征收补偿协议的情形，相对人可提起行政诉讼，鉴于征收补偿协议的公共管理性质，提起行政诉讼似乎合乎情理。但是仔细阅读条文，我们会发现它把解决的核心放在“行政机关不履行、未按照约定履行等情形”，倘若行政相对人签订征收补偿协议后不履行协议，拒绝交房搬出，行政机关该怎么救济？这就又绕回了征地拆迁最不愿意面对的强制拆除的问题。

也有人针对这个问题提出意见，认为实际上可以将诉讼拆分适用，当行政机关起诉相对人履行补偿协议时适用民事诉讼的程序，而当行政机关不履行协议则相对人可以依据行政诉讼的程序起诉，但如果行政机关提起民事诉讼后相对人提反诉岂不是造成了行政诉讼与民事诉讼交叉适用的诡异局面。

综上所述，笔者认为新修订的《行政诉讼法》将征收征用补偿协议纳入受案范围的出发点固然是好的，是为了最大程度督促行政机关依约履行协议，以化解征收征用领域引发的巨大社会矛盾。但该修改忽略了补偿协议的目的是达到双方协商一致妥善地解决征收与补偿的问题，任何一方都应该有权利要求对方履约以达到协议签订的目的。一旦行政相对人拒不履行征收补偿协议，行政机关将无法通过诉讼程序请求相对人履行协议。可见，修改后的《行政诉讼法》已打破现有的征收补偿协议争议解决程序的平衡，如何挽救这个局面，只能等待相关的解释性规定出台方可判断。